Realmente no es una línea comentada, sino la declaración del tipo de documento, para que el navegador sepa el juego de reglas que debe aplicar, más info en:
http://www.w3schools.com/tags/tag_doctype.asp
En todo caso, como ya te sugerimos, no abras los html directamente, sino desde un servidor web, que puedes instalar fácilmente en tu PC.
A menos claro, que el usuario final tenga que abrir las páginas desde una USB, CD, etc., en ese caso, tendrás que buscar otra alternativa.
Se me ocurre que tengas configurado tu IExplorer en modo de compatibilidad que, dicho sea de paso, creo que nadie sabe a ciencia cierta con qué es compatible!
