Hola franroa:
El planteamiento que haces creo que es correcto, sin embargo tengo una duda en cuanto a esto que pones:
Cita: hacer una tabla "archivosBusqueda" de tipo MySAM que se borraria a trabes de la aplicacion cada vez que se borre un archivo por parte de cualquier otra que este asociada a la pimera tabla con el borrado en cascada.
El concepto de eliminación en cascada sólo aplica sobre tablas InnoDB, cuando defines llaves foráneas entre dos o más tablas, sin embargo con tablas MyISAM no lo puedes hacer... también tengo dudas en cuando a hacerlo a través de una aplicación, en realidad tampoco creo que sea conveniente, pues te expones a que cualquier persona que tenga acceso al servidor haga modificaciones a la BD sin que te des cuenta y por lo tanto la tabla quede desactualizada. Lo ideal es que dejes que el DBMS se encargue de hacer la eliminación o actualización de tu tabla MyISAM a partir de lo que haces en tu tabla InnoDB. Una idea sería mediante un trigger, checa estas ligas, creo que ahí se explica bastante bien a lo que me refiero.
http://www.joinfu.com/2006/02/emulat...myisam-tables/ http://stackoverflow.com/questions/5...storage-engine
Saludos
Leo.