Hola:
Mi respuesta a esta pregunta es muy sencilla, toda página debe ser navegable sin tener javascript, así si quieres cargar un módulo con url "modulo1.html", tienes que tener ese enlace, y con javascript usar el evento asociado al enlace para cancelarlo y hacer la carga mediante ajax...
Usar javascript no tiene que ser un problema para posicionar tus páginas, pero los robots deben detectarlos...
Sobre volcar algo a html puro, deberías hacerlo con el lenguaje que tengas en el servidor.
Saludos
