Cita:
Iniciado por nicosli 
Los motores de búsqueda se dan cuenta que hay un direccionamiento en el .htaccess ?
El .htaccess es un archivo de configuración a nivel de servidor. Si defines un redireccionamiento, un acceso restringido, o lo que sea, el robot tendrá que seguir lo que le marca el servidor. De hecho, una de las técnicas que se se pueden usar para evitar el indexamiento de tus páginas es introduciendo un acceso restringido en este fichero.
En cuanto a la pregunta inicial del hilo, está claro que aunque hagas redirects 301 te va a afectar al SEO por el hecho de no utilizar tu dominio raíz, ya que no vas a alcanzar nunca la authority desde una subcarpeta. Sigue el consejo de Juan Carlos.