Buenas yo creo que e spor que los array en php cuando tienen el mismo ID se sobreescriben... creo que debe ser eso, estoy apenas estudiando array's, :S (tengo un problema inmenso en querer mostrar un resultado de una consulta como columnnas de mi tabla generada en html por php. Si alguien sabe y me puede ayudar mande privado. )
amigo prueba lo que te dije, de lo que los datos se sobre escriben, yo no entiendo muy bien se que tu lo entiendes mejor que yo, pero aqui te paso un video si lo vez quisas entiendas lo que digo, y sea ese tu problema, espeor haber aportado algo. =)
aqui el video casi al final el hace un analisis de un detalle que tiene php.
https://www.youtube.com/watch?v=IQKSADFB9-0