Es completamente normal. Todas las peticiones tienen que pasar por el Index si o sí. Es, digamos, el controlador principal y este redirije al controlador en cuestión que se requiera. Si quieres quitarlo tienes que crear el archivo .htaccess como bien han indicado antes. Hay un tutorial en code igniter para hacer eso.
Mira aquí en donde pone remove index.php file
http://ellislab.com/codeigniter/user...eral/urls.html