Si puedes modificar una plantilla de flash, podrás hacer esa animación.
Te recomiendo que si vas a usar audio y tu exportación es en formato de video (.avi, .mp4. .mov, etc) primero exportes el video y luego con un editor de video, como puede ser el movie maker o cualquier otro, insertes y calibres el audio... Te va a facilitar las cosas, creeme.