Como agrupar y mostrar datos de la siguiente manera

[Tokkara]

Pues si te muestra los usuarios separados con coma, lo único que hay que hacer es dividir la cadena por las comas, usando la función de php explode.

Código php:

$departamentos = array();
$sql = "SELECT nombre_departamento, GROUP_CONCAT(username) AS empleados FROM usuarios, empresa_departamento WHERE usuarios.id_departamento=empresa_departamento.id_d departamento GROUP BY nombre_departamento"
 
$r = mysql_query($d);
 
while($d = mysql_fetch_row($r))
$departamento[$r[0]) = explode(',', $r[1]);
 

La variable $departamento es un array donde la clave es el nombre del departamento y el valor es otro array con los nombres de usuarios.