Creo que lo ideal seria separar las cosas, estoy de acuerdo que flash nos presenta dificultades en algunas tares entre las cuales estan las que vos mencionas y algunas mas, pero creo que si nos ponemos a navegar un rato encontraremos cosas echas en flash que realmente hacen que nos saquemos la galera ante él.
Ahora bien el echo de que necesitemos de otros lenguajes para llegar a realizar ciertas cosas me parese que tambien habla bien de este programa ya que te permita utilizarlos dentro de el, con lo cual muestra gran flexibilidad en su codigo.
Y por ultimo cuando digo que hay que separar las cosas me refiero a que primero debes plantearte que es lo que quieres hacer:
Si es un sitio estatico te recomendare html puro.
Si es un sitio dinamico te recomendare Flash.
Si es una presentacion o catalogo para cd te recomendare DirectorMx.
Si es un software te recomendare Visual Basic 6.
y esto no significa que con algunos de los productos que te menciono no se puedan hacer otras cosas, pero hay que tener en cuenta que cada uno de ellos tienen caracteristicas especificas que lo hacen mas aprovechables en ciercos campos y no en otros
Ej: "El hombre sabe subirse a un arbol, pero seguramente el mono lo haga mas rapido".