Cron con PHP actualizar una DB con resultados de otra

[El_Metallick]

porque no lo haces utilizando las opciones del motor de base de datos, con una consulta anidada por IN. Algo así

Código MySQL:

UPDATE account_data SET dp=dp + 1 WHERE id IN (SELECT account FROM characters WHERE online=1)
 

Esto suponiendo que con eso de bases de datos distintas en realidad te refieres a tablas distintas de la misma base de datos.

Saludos