Son cosas distintas ( popup, que popup modal )
El primero simplemente es una ventana nueva en la que aparece el contenido de X sitio web, mientras que el segundo ( aunque puede que me equivoque ) es un efecto hecho con javascript en la misma pagina para que aparezca como si fuera un popup y que no deje efectuar ninguna accion en el resto de la pagina.
En las 2 formas, tendrias que poner estructura como te han indicado aqui, pero si quieres abrir un popup modal, tendrás que usar los efectos de javascript.
Te pongo por ejemplo uno de los mas conocidos:
http://jqueryui.com/dialog/#modal-confirmation