Realmente no controlo mucho del tema llevo muy poco con CI pero desde luego si que hay que poner los <?php echo $title ?>. Mira este ejemplo del manual de code igniter:
Código PHP:
Ver original<html>
<head>
<title><?php echo $title;?></title>
</head>
<body>
<h1><?php echo $heading;?></h1>
</body>
</html>
Hacer una substitución no creo que sea la mejor opción. Imáginate que tienes un blog y algún usuario escribe $title en el texto... o peor aún, que escriba $usuario y $password.
Creo que lo que hacen es enviar las variables a la vista, no hacer substitución.