Cita:
Iniciado por berserko 
RewriteRule ^(.+)/(.+)/?$ index.php?dir=$1&tema=$2
Esa regla también afecta a /css/algo.css, es decir, al vincular a un archivo CSS estás llamando a index.php?dir=css&tema=algo.css.
No deberías de tener reglas tan
bestias para mapear URLs. Lo suyo es ser un poco más específico. Si tienes por ejemplo seis carpetas, agrúpalas en una expresión con (dir1|dir|dir|etc..) y no afectará al directorio de los CSS.