Hola:
He copiado tu código todo junto, he añadido un style para ver el cambio y parece que funciona bien, el puntito de delante de los <li> se cambia de color
Código HTML:
Ver original <script src="http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js"></script> .active {
color:red;
}
$(function() {
$('.nav li a').click(function(e) {
e.preventDefault();
var $this = $(this);
$this.closest('ul').children('li').removeClass('active');
$this.parent().addClass('active');
});
});
<li class="active"><a href="#">Enlace 1
</a></li> <li><a href="#">Enlace 2
</a></li> <li><a href="#">Enlace 3
</a></li>
Se bueno.