CodeIgniter ya tiene un sistema de plantilla interno, puedes echarle un vistazo en
CodeIgniter Does Not Require a Template Engine de la documentación oficial.
Además y por lo que sé, puedes usar motores de plantillas ya existentes e incluirlos en CodeIgniter como
Smarty, así no tendrás que crear uno desde cero.
Ten presente que un motor de plantillas hará que tu web sea más lenta, ya que tendrá que interpretar el código y pasarlo a PHP, para ya después procesarlo como es debido. Por eso te aconsejo que lo hagas directamente en PHP.