Hola einc,
en principio el document.write hay que usarlo mientras aún se está cargando el documento. Entonces escribe en el lugar que le corresponde y continúa con la carga del resto de la página.
Pero una vez el documento está cargado, usar document.write logrará que se sobre-escriba el documento entero, quedando por único contenido lo que se escribió con el método write.
Eso por un lado.
Por otro... no hay necesidad de que cada vez escribas (ni siquiera la primera vez) la inclusión del archivo .js. Bastaría con que lo llamaras sin document write y que la función que se llama recursivamente estuviera en el .js. Claro que seguirías teniendo el problema de la sobre-escritura del documento con el write del .js.
Mi sugerencia es que en vez de usar el método write uses un innerHTML o algo similar dentro de algún contenedor (celda, capa...)
Ahí va un ejemplo:
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
var frases = new Array(
"Perico de los palotes",
"Andando que es gerundio",
"Mis melones desafían la ley de la gravedad")
function frasecillas(capa,cual)
{
if(cual==frases.length){cual = 0}
document.getElementById(capa).innerHTML = frases[cual]
cual++
cual2 = cual
capa2 = capa
setTimeout('frasecillas(capa2,cual2)',2000)
}
</script>
