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[masterpuppet]

Limpiaste el cache luego de hacer la modificación ?, la regla es un tipo de mapeo por bundle, osea puedes utilizar YML o Annotation pero no los dos en un mismo bundle, en cuanto a cual es mejor, es prácticamente lo mismo, se utiliza Annotation cuando únicamente vas a trabajar con Doctrine, en cambio si quieres que dejar abierta la posibilidad a otro ORM o bien no te gusta la metadata en las entidades es mejor utilizar YML o XML, en lo personal por RAD utilizo Annotation.