Debes ver si hubo items encontrados no si la sentencia SQL se ejecuto con éxito o no (encuentre o no encuentre mientras no tenga errores dará que la sentencia SQL se ejecuto con éxito), para eso usa mysql_num_rows()...
Código PHP:
Ver original<?php
//código....
echo '<script type="text/javascript"> alert ("Usted no puede registrarse Sr. '.$b[1].'") </script>';
echo '<script type="text/javascript">window.location="../index.php"</script>';
}
// más código...
Por cierto, tienes llaves de mas abiertas en los "if"....