Order by

[gnzsoloyo]

Mira, no se ve puntualmente un error, pero preventivamente vamos a hacer un pequeño cambio, para evitar que el último ORDER BY pueda estar generando conflictos:

Código MySQL:

SELECT * 
FROM
    (SELECT 
        d.llave, cy.rfc, d.fecha, d.folio, c.nombre, d.subtotal,
        d.iva, d.isr, d.iva2, d.cancelado
    FROM 
        $tabla d
        LEFT JOIN cbb_clientes c on c.llave=d.cliente
        LEFT JOIN cbb_contribuyentes cy ON cy.llave=d.contribuyente
    WHERE 
        c.usuario = '$k_usuario' 
        AND cy.llave = '$contribuyente'
        AND YEAR(d.fecha) = $ano 
        AND MONTH(d.fecha) = $mesx
        $condicion 
        AND d.folio = 0
        ORDER BY d.llave) T0
UNION ALL
    SELECT * 
    FROM
        (SELECT 
            d2.llave, cy2.rfc, d2.fecha, d2.folio, c2.nombre, d2.subtotal,
            d2.iva, d2.isr, d2.iva2, d2.cancelado
        FROM $tabla d2
            LEFT JOIN cbb_clientes c2 on c2.llave=d2.cliente
            LEFT JOIN cbb_contribuyentes cy2 on cy2.llave=d2.contribuyente
        WHERE 
            c2.usuario = '$k_usuario' 
            AND cy2.llave = '$contribuyente'
            AND YEAR(d2.fecha) = $ano
            AND MONTH(d2.fecha) = $mesx
            $condicion
            AND d2.folio <> 0
        ORDER BY d2.folio ASC) T1;
 

Algunos tips adicionales:
- No pongas entre apostrofos aquellos valores que son números. No los necesitan y usarlos puede esconder errores en las variables que los alimentan (si me dices que los pones para evitar que salten errores, es precisamente que algo está mal con esas variables).
- El orden de los factores si altera el producto en las bases de datos. Pon las tablas en el orden de dependencia o el de cardinalidad, por lo menos, en especial cuando usas LEFT JOIN.
- No abuses de los paréntesis. El parser de MySQL los usa para cambiar la lógica de análisis, y por tanto pueden tener un mal impacto en la performance (poner un conjunto de condiciones con AND entre paréntesis es inútil).
- Ten cuidado con las condiciones que llegan como variables (esa $condiciones). Si contiene OR sin controlar puede afectar la lógica de la consulta sin que te enteres.
- El ORDER BY final ordena toda la tabla resultado, incluyendo todo lo de todas las consultas intermedias. No es la solución. Ante la duda es siempre conveniente que leas el manual ()

Finalmente, un consejo que siempre damos:
No uses la consulta directamente en una llamada, sino que cárgala en una variable, luego imprime la variable (echo) para asegurarte qué estás enviando, y recién entonces mandala a ejecutar.
¿Se entiende esto último?