Lo que yo intentaría es correr
Ubuntu como "Live CD" para respaldar los archivos que tienes en tu PC en una unidad USB para luego seguir haciendo pruebas.
Teniendo los archivos respaldados podrías intentar formatear tu PC desde Linux. - ¿O incluso tal vez quedarse con Linux? - Luego de haberlo formateado completamente podrías intentar instalar Windows con su disco original.
Saludos