Hola:
Tienes un error de concepto entre jsp y javascript.
JSP se ejecuta en el servidor y se ejecuta antes que javascript, tu código
crea una variable latitud en java, le asigna la cadena "<script>document.writeln(myLat)</script>" tal cual, porque estamos en el servidor ejecutando el código java y NO estamos en el navegador del cliente ejecutando el código javascript y luego escribe exactamente eso en la página html que le llegará al navegador "<script>document.writeln(myLat)</script>"
Es decir, al navegador le llegará, después de haberse ejecutado el código java/jsp, un html que tendrá algo como
y ahora, una vez en el navegador y con la parte java ya terminada de ejecutar hace un rato muy, muy lejos, en el servidor, sí interpretará el javascript, escribiendo lo que sea que tengan myLat y myLong como variables javascript en ese momento.
Si quieres enviar valores de javascript al servidor, tendrás que usar AJAX o hacer una petición a una URL de tu servidor pasando esos valores como parámetros.
Se bueno.