En primer lugar te conviene usar
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?key=$1 [L,QSA]
Para agregar la query String, para limitarlo, creo que lo más sencillo es incluir la regla dentro de un Bloque Filesmatch
Código Apache:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteBase /
<FilesMatch "\.(html|php)$">
## aqui tus reglas
</FilesMatch>
En esta expresion agregas las extensiones que querés que sean redirigidas separándolas por |
"\.(html|php)$"
supongo que los css y js tampoco debieran ser redirigidos
Saludos