Cita:
Iniciado por Malenko 
No se trata de que le caiga bien o mal, se trata de un tema de permisos. Cuando ejecutas el programa en versión "escritorio", el programa corre con los permisos del usuario actual. Cuando se ejecuta como servicio "normalmente" (si no indicas lo contrario) se hace como "LocalSystem" o "Network Service".
Para comprobarlo, una vez tengas el servicio instalado y antes de ponerlo en marcha, ver a la ventana de servicios de Windows. Haz segundo click en tu servicio y selecciona "Propiedades". Ve a la pestaña de "Iniciar Sesión" y marca la opción "Esta cuenta" y con examinar buscas y seleccionas tu usuario de windows. Prueba a iniciar el servicio a ver que tal te funciona ahora :)
Gracias compañero, parecía buena idea, pero sigue cascando en el mismo sitio con mi cuenta de usuario. Seguiré probando :/