Según entiendo lo que te paso fue qu eno te hizo un update de win98 sino que se instalo como un nuevo S.O. en la particion Dde tu D.D.
Eso se puede dar en la parte de instalación en la pantalla azul que aparece si por error escoges nueva instalacion y no actualización y luego le diste que se instalara en la unidad D pero que la conservara como estaba actualamente y que no la formateara asi es que tambien puedes encontrar tus archivos hay (bueno este es hablando hipoteticamente)...
Pero lo que tu deseas es facilisimo aunque exige un grado de experiecia no muy alto tampoco creas que va a ser traumatico solo es dedicarle algo de tiempo y listo
