uum buena pregunta puesto que lo que deseas es actualizar tu w98 a 2000 teniendo ya en una particion el 2000 instalado...
Yo creo que de pronto te cree conflictos a la hora de hacer el update de S.O. por lo que el debe o tal vez detecte que en otra particion ya tienes instalado el 2000...
Mi concejo sería que hagas una copia de tus archivos importantes, luego formatees y particiones si así lo deseas y si lo que deseas es solo 2000 como S.O. de tu pc pues solo instalas 2000 y listo.
Aunque tu pregunta me quedo sonando veré a ver si puedo hacer algun tipo de prueba a ver que sucede..
