Bueno, creo que podrías haber empezado por informar esto.
Sinceramente conozco poco sobre el funcionamiento de Joomla y no se como pueda afectar.
A manera de prueba te diría que intentes utilizar el bloque
Código:
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^phpMyAdmin=([A-z0-9]*)$
RewriteRule ^(.*)$ /$1? [R=301,L]
antes de las directivas que estás mostrando. Pero como vos decís, ya sería una cuestión de ensayo / error
Saludos