Lo que hago yo es separar la parte de script de la pagina, lo guardo en un .php que adentro abre y cierra los tags <script>. luego en la vista en el lugar donde corresponde le hago
Código PHP:
Ver original$this->load->view('ruta/script_nombre');
creo que si haces $this->load->view('ruta/nombre.js') tambien te lo toma. O sea especificando la extension del archivo