Mmm no he usado netbeans para hacer este tipo de cosas, pero se me esta ocurriendo que cuando seleccionar correr/debuggear tal vez en la configuracion le tienes para que reciba parametros, como si estuviera configurado para Java, revisa en las configuraciones de correr para ver si tiene esta opcion habilitada o tambien me puedes decir que version del netbeans para php utilizas, lo bajo, lo instalo y te cuento,
Saludos
