Si lo que necesitas es como lo que pone @neglivv bastaría con usar la función
strtr
Código PHP:
Ver original<?php
$str = 'ACCTGTGGACCTGACCATGGACGGACCCTAGCA';
$trans = array('A' => 'T', 'T' => 'A', 'G' => 'C', 'C' => 'G'); echo strtr($str, $trans); //TGGACACCTGGACTGGTACCTGCCTGGGATCGT
Saludos.