Reemplazar varios caracteres a la vez

[neglivv]

O puedes hacerlo a "pie"... Hice esto, pero la verdad no sé si entendi tu pregunta:

Código:

$cadena = "ACCTGTGGACCTGACCATGGACGGACCCTAGCA";
/*
A --> T
T --> A
C --> G
G --> C
*/
$max = strlen($cadena);
for ($i=0;$i<$max; $i++){
	if ($cadena[$i] == "A")
		$cadena[$i] = "T";
		
	else if ($cadena[$i] == "T")
		$cadena[$i] = "A";
		
	else if ($cadena[$i] == "C")
		$cadena[$i] = "G";
	
	else if ($cadena[$i] == "G")
		$cadena[$i] = "C";
}

echo $cadena;