¿Quieres detectar si un elemento se repite en cualquier array o si se repiten los arrays?
En cualquier caso no es buena idea controlar eso en arrays, si existen otras estructuras con otras características es por algo.
Lo de que no se utilicen otras estructuras, ¿significa que aunque los datos se mantengan en esa matriz no se pueden usar Lsit para hacer la comprobación? Si sólo puedes usar arrays, va aser bucles for, por lo que lo único que puedes hacer es buscar algún algoritmo que lo mejore.
Prueba con Arrays.equals
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...va.lang.Object[], java.lang.Object[])