Cita:
Iniciado por pateketrueke 
Necesitas usar el flag --cached para eliminar el archivo también del caché.
Gracias por responder.
Igual no lo pude borrar usando ese comando.
Todos los pasos que hice para seguir tu consejo fueron los siguiente.
1-en un proyecto git antererior que tenia sin cambios
2-cree 2 archivos, uno prueba.docx y otro que nombre como si fuera un temporal ~$prueba.docx
3-los agregue con git add .
4-despues elimine directo del disco duro(no con un comando de git) el archivo ~$prueba.docx
5-intente borrarlo con el comando indicado git rm --cached ~$nombre.docx
Adjunto pantallazo.
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Tu puedes probar y crear un archivo que empiece con ~$ y agregarlo al stage y despues ver si lo puedes eliminar?, por favor.
Lo que estoy asiendo ahora es agregando en .gitingnore
~* para que no los vuelva a tomar en cuenta, pero me tiene intrigado porque motivo no los borra.