No se si con otro programa puedas "compilar" tus swfs, pero si no, bastará con que Crees el ejecutable del swf principal. Los que cargas no importa que no tengan instalado el plugin. Aunque si es un ejecutable te conviene meter todo en un swf, generalmente el loadMovie, se hace por cuestiones de peso en la red.
Espero te sirva.
Saludos desde México.
