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Iniciado por mdk 
Art_rockerd el código javascript se lee del lado del cliente, es decir, lo lee el navegador directamente, por lo que no se puede ocultar, sin embargo el código php se lee del lado del servidor, de ahí, que puedas ocultar el código como bien dices. Los "trucos" que usan los desarrolladores, es dificultar la lectura del código juntando el código todo lo posible, para que sea realmente difícil leerlo, comprimiéndolo todo lo posible, ya sea quitando espacios en blanco, saltos de linea, etc..
Yo hubo una temporada que estuve obsesionado con ocultar el código javascript, y se me ocurrió una forma, pero dependes de php, la velocidad de respuesta del servidor y no siempre solía funcionar, con el inconveniente añadido de que había la gran posibilidad de que la web se quedara inaccesible.
Saludos.
Si enteindo, el detalle es que es una aplicacion hecha a medida, y cuando yo me vaya de la empresa, la persona que se quede encargada del desarrollo tiene que poder entender el código, no puedo dificultarle la tarea, sobretodo para el mantenimiento... pero en fin, asi son las cosas, no queda mas que confiar en las buenas intenciones de las personas, mis codigos PHP segun yo ya estan reforzados.. Muchas gracias. Saludos!