Hola Rriveros.
Yo lo que suelo hacer es evitar el uso de los botones <input type="submit">. En su lugar yo utilizo un botón normal al que coloco una llamada a la función de validación cuando hacen click sobre el, y en la función, si todo está correcto, hago el submit del formulario.
Esto es equivalente a que en tu función hagas lo siguiente:
Código PHP:
function verificar(){
if(document.productos.Cod_Producto.value.replace(/ /g, '') == ''){
alert("Debe Ingresar un valor ");
document.productos.Cod_Producto.focus();
document.productos.Cod_Producto.select();
} else document.productos.submit();
}
(Estoy asumiendo que tu tag form lleva el nombre de productos.
Saludos.