Pasar los valores de un PHP a un Shell

[AlvaroG]

Casi. Debido a cómo funcionan los backticks (`), tu archivo debería ser

Código PHP:

<?php
$fecha = date("Ymd");
$ec = CIFRAR;
$token = crypt($ec, $fecha);
echo $token;
 

Otra opción es declarar la función, tal y como lo estás haciendo, pero también llamarla e imprimir a la pantalla lo que devuelve.