La manera más efectiva: utilizar dominios independientes con su respectiva extensión de país para cada sitio y desarrollar contenido especial a cada uno.
.es, .com.co y .com.mx
Otra manera, más práctica tal vez por cuestiones de modificaciones o actualizaciones del sitio es aplicar subdominios dentro de un dominio genérico. En este caso ya podrías utilizar el .com que tienen actualmente.
Por último, también está la posibilidad de tener carpetas exclusivas por país. También puedes geolocalizar este contenido a través de
WMT.