Pues si se trata de compatibilidad, entonces te sugeriría xhtml 1.0 estricto, porque explorer no es muy compatible que digamos con HTML5 y/o CSS3.
Por supuesto que hay herramientas que te permiten lograr que tus webs se vean bien (aunque no iguales) en el susodicho explorer y en navegadores reales.
Más que un manual, te puedo recomendar una guía de referencia muy buena, donde cada etiqueta muestra la compatibilidad en los navegadores más populares:
http://www.w3schools.com/html/html5_intro.asp