Pues que yo sepa, lo que está desarrollado para Linux NO ES GRATUITO sino LIBRE u Open Source, o sea, son términos completamente diferentes.
Además, los virus de Windows, NO afectan en lo más mínimo a linux.
Lo de tu "problema" en el sitio web o donde está almacenado/hospedado el sitio web, es que pudieron o usaron sql injection o
inyección SQL, lo que NO es un virus, sino un método de hackeo buscando vulnerabilidad por sql.