Hola, todo depende de qué tipo de gifs, los softwares más conocidos:
_Gifs
con o sin movimiento: se puede usar "Fireworks" de Adobe.
_Gifs
sin movimiento: "Photoshop" de Adobe, no recuerdo si con movimiento se pueden hacer, nunca la usé en ese caso.
_.fla, swf: "Flash" de Adobe.
Cita: Sin conocimiento de Flash, pero manejado por diseñadores.
Todos estos programas son orientados a diseñadores. Flash es el pilar de ese formato, más completo que este programa no existe, y si el diseñador no sabe nada de programar en action script puede usar el programa desde la zona de diseño. Si vas a pagar mejor tener las herramientas completas, que sobre y no falte.
¿Hay otras alternativas?, hay por ahí si, también más básicas y en ocasiones burdas, pero Adobe es una suite de solución completa.
En este index podrías encontrar más cosas, saludos