Optimizar consulta con explain

[gnzsoloyo]

Hay cosas que no me parecen correctas de tu consulta, por ejemplo:
- Pones condiciones en el FROM que deberían ir en el WHERE.
- Ciertas condiciones implican relaciones que no estás declarando en el FROM
- La existencia de esos valores en ambas tablas, no siendo PKs, hacen inferir que hay un diseño algo defectuoso (redundancia peligrosa) e indices faltantes.
- Hay campos evidentemente numéricos que se están comparando como cadenas, lo que exige una conversión implícita innecesaria (probable defecto de programación).

A mi entender, habría que replantear la consulta con algo así como:

Código MySQL:

SELECT 
    listM.prtx__ref, 
    listM.value
FROM 
    prtx_list_m listM
    INNER JOIN prtx_prt_prc  cat ON (cat.prtx__ref = typex.ref AND listM.prt__name = cat.prt__name)
    INNER JOIN prtx__comentssubs typex  ON typex.ref = listM.prtx__ref 
WHERE 
    listM.prt__name = 'comentssubs' 
    AND listM.prtc__col_name = 'llmult' 
    AND cat.prc__id IN (680, 533, 3, 20)
    AND typex.public = 1
GROUP BY ref, value
 

En ese caso por ejemplo, puede inferirse que se requieren al menos cuatro indices para que el tema funcione, sobre los campos:
- prtx_list_m.prt__name
- prtx_list_m.prtc__col_name
- prtx_prt_prc .prc__id
- prtx__comentssubs.public

También es posible que la cosa mejora si en la tabla prtx_list_m se define un índice INDEX sobre (prtx__ref, value)

Por cierto, te recomiendo enfáticamente no usar palabras reservadas como nombres de columnas, porque eso puede trae consecuencias imprevisibles (por ejemplo, puede producir errores de sintaxis indetectables). Me refiero en especial a ese campo llamado "value".