Hola:
Estas lanzando 10 timeout seguidos que se ejecutarán los 10 seguidos dentro de 1000, así que imagino es que lo unico que has conseguido es que todo sea igual de rápido que antes, pero 1000 ms más tarde.
Necesitas setInterval(), pero no en un bucle.
Código java:
Ver originalvar miTimer = setInterval (funcion(){Capa.innerHTML=a; a++}, 1000) ;
Cuando quieras que pare, llama a clearInterval(miTimer)
Se bueno.