El problema era que en la consulta me retornaba un string y no int, solo modifique la consulta y funciono, ya me retorna el id 1 que seria el parent root del id 6
Código PHP:
$result=mysql_query("select id,parent from menu");
$var1 = array();
while($valor=mysql_fetch_assoc($result)) {
$var1[] = array('id' => (int)$valor['id'],'parent' => (int)$valor['parent']);
}