Buenas,
Prueba asi:
RewriteRule ^([^/]*)/([^/]*)/([^/]*)$ /index.php?controller=$1&action=$2&id=$3 [L]
Otra forma de hacerlo es:
RewriteRule ^(.*)$ index.php?route=$1 [QSA,L]
lo que tienes que hacer despues
Código PHP:
$path = trim(parse_url($_GET['route'], PHP_URL_PATH), "/");
$path = preg_replace('/[^a-zA-Z0-9]\//', "", $path);
list($user,$seccion,$subseccion) = explode('/',$path,3);
Saludos