Te doy una mejor opción, porque mejor luego de generar todo tu proyecto en .exe, aparte hagas un proyecto para su instalación, donde llames al paquete SQL Server, que estaria en tu directorio donde se cargue la aplicación (App.Path) y haga una instalación desentendida del paquete.
Para mayor información mira:
http://social.msdn.microsoft.com/For...2-1ec09d83eaae