¿Como se debe conecta y desconectar los dispositivos de la computadora?, y ¿porque?

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En tu caso, debes apagar la PC para poder desconectar el disco duro, ya que la tarjeta madre envia en todo momento corriente a los dispositivos conectados, eso hace que el disco duro esté en uso en todo momento y por eso el disco de lectura y los circuitos están trabajando.

Si desconectas de golpe el disco duro es posible que el sistema operativo esté buscando información en él y por lo tanto leyendo la unidad lectora, cuando desconectas de repente puede que la aguja lectora salte y raye el disco metálico o se dañe algún cluster del disco duro y con eso puedes dañar el disco duro como en tu caso, o en algunos casos te reconoce el disco duro pero puedes presentar pérdida de información todo depende del nivel de daño que presente el disco duro.

Es como si intentaras sacar la tarjeta de video estando conectada a la pc, enseguida hecha humo porque la variacion de voltaje es tan brusca q daña los circuitos.