Para que la entidad del rol ?, solo tienes que enviarle un string(ROLE_*), por defecto se le asigna el rol ROLE_USER, de todas formas te dejo una referencia a como hacerlo,
http://blog.jmoz.co.uk/symfony2-fosu...-role-entities, en relación a cuando configurarlo, cuando creas conveniente, no es mas que un array al que le agregas strings, al final de la doc tienes un apartado sobre como sobrescribir a FOS, puedes sobrescribir el controller, el manager, el user, utilizar eventos, etc.
En relación a las propiedades, si extiendes de la clase base de FOS tienes que mantener las propiedades, es por el mapeo, pero nada te impide agregar nuevas propiedades, obviamente estas nuevas propiedades debes mapearlas.
Saludos.