A ver, que ya estoy entrando en confusión.
Hay que diferenciar entre las meta etiquetas con el nofollow y los enlaces con nofollow.
Con las meta etiquetas te evitas que determinada página sea indexada por cualquier buscador.
Y cuando hablamos de insertar el rel="nofollow" en algún enlace, evitamos transferir relevancia (Page Rank) a la página de destino del enlace, pero esto no evita que ese enlace de destino sea indexado, a no ser que le pongamos la meta etiqueta robots con sus órdenes pertinentes.