Ok, dije que me retiraba del tema pero tratare de entender que estas haciendo porque mas que todo me ha sido confuso entenderlo.
Dando por sentado que esto que haces esta bien y lo has dado a entender asi
Código PHP:
<?php
$registros=mysql_query("select count(mes_pago) as cantidad from asig_pago where ced_est = '".$array['ced_est']."' and periodo = '".$periodo."' and status_pago = 'POR COBRAR'") or die("Problemas en el select:".mysql_error());
$reg=mysql_fetch_array($registros);
$total= $array['monto_beca'] * $reg['cantidad'];
echo "".$total; ?>
Si te he entendido bien supuestamente total tiene pepito 500 bls, zutanito, 200 bls, etc. Si es asi y no estas multiplicando arreglos con arreglos sino un valor fijo por un arreglo (que por eso entendia al comienzo que podria ser el error)
Si despues de eso tienes un arreglo lo unico que debes hacer es hacer un array_sum que suma los totales del arreglo.
http://php.net/manual/es/function.array-sum.php
Si no es asi, literalmente me rindo porque quiere decir que no entendi lo que tratabas de explicar. Espero que de algo te haya servido mi colaboración asi sea poco.
p.s si el arreglo total es el que da el error, debes fijarte en las dimensiones de los arreglos que multiplicas, ahi podria estar el error, si esta bien total la cosa ya seria sumar como lo exprese