Si no podés poner un conversor online como te señala Triby, lo cual de por sí es bastante dificil si no tenés un buen servidor dedicado, lo más aconsejable es que obligues a tus usuarios a subir sus archivos en flv, de lo contrario vas a estar en problemas.
Podés dejar un link a algún soft de conversión gratuito e intrucciones de uso, para windows, por ejemplo.
http://www.dvdvideosoft.com/products...-Converter.htm
Saludos